Estonia - Independența a pierdut Britannica
Soarta Estoniei a fost decisă de Pactul germano-sovietic de neagresiune din august 1939 între Germania nazistă și URSS. La 28 septembrie, guvernul sovietic a impus Estoniei un tratat de asistență reciprocă care a acordat Uniunii Sovietice mai multe baze militare estone, care au fost ocupate imediat. A fost numit un guvern nepolitic cu o bază largă sub conducerea lui Juri Uluots, dar la 16 iunie 1940, un ultimatum sovietic cerea un nou guvern eston, „capabil și dispus să asigure aplicarea onestă a tratatului de asistență reciprocă dintre Estonia și sovietica”. A doua zi, forțele sovietice au ocupat întreaga țară. La 21 iulie Camerei Deputaților i s-a prezentat o rezoluție de aderare la URSS; a fost adoptat în unanimitate a doua zi, în ciuda faptului că este contrar procedurii constituționale. La 6 august, Sovietul Suprem de la Moscova a încorporat Estonia în URSS. ca una dintre republicile sale constitutive. Între timp, Päts, Laidoner și mulți alți lideri politici au fost arestați și deportați în URSS. În primele 12 luni de ocupație sovietică, peste 60.000 de persoane au fost ucise sau deportate; mai mult de 10.000 au fost înlăturați într-o deportare în masă în noaptea de 13-14 iunie 1941.
La 22 iunie 1941, Germania a atacat URSS. Suprafețe mari din Estonia au fost eliberate de forțele sovietice de către unități estoniene improvizate înainte ca armata germană să ajungă în Estonia. Timp de trei ani Estonia a fost sub ocupație germană, devenind parte a provinciei Ostland. Cu toate acestea, până în februarie 1944, rușii erau din nou pe frontul Narva. Aproximativ 30.000 de estonieni au scăpat pe mare în Suedia și 33.000 în Germania; multe mii au pierit pe mare. Pe sept. 22, 1944, trupele sovietice au luat Tallinn.
Republica sovietică
Primul deceniu postbelic a fost o perioadă deosebit de dificilă de represiune și rusificare. Eforturile regimului de a restructura țara într-o formă sovietică au făcut practic imposibilă viața politică și culturală națională. Deportările în masă au avut loc în mai multe valuri, cel mai semnificativ în 1949 în timpul campaniei de colectivizare a agriculturii. S-a estimat că până la 80.000 de estonieni au fost deportați între 1945 și 1953. Imigrația masivă din Rusia și din alte părți ale URSS. a scăzut proporția indigenă a populației. Înainte de război, estonienii reprezentau aproape 90% din populație. Până în 1990, proporția scăzuse la aproximativ 60%. Partidul comunist aflat la guvernare avea un caracter disproporționat de imigrant. O purjare pe scară largă în 1950–51 nu a lăsat practic niciun oficial eston nativ în cele mai înalte poziții. Situația s-a schimbat oarecum la sfârșitul anilor 1950 și la începutul anilor 1960, dar până la sfârșitul anilor 1980, elita conducătoare era încă puternic imigrantă.