Semnificația funcțională a inactivării concomitente a hMLH1 și hMSH6 în celulele tumorale ale
Editat de Richard D. Kolodner, Universitatea California din San Diego, La Jolla, CA și aprobat la 11 octombrie 2001 (primit pentru revizuire la 11 mai 2001)
Figurile articolelor și SI
Cifre
Strategie pentru izolarea subclonelor SW48 cu gena hMSH6 de tip sălbatic sau inactivată. +/+, hMSH6 de tip sălbatic; +/−, heterozigoți pentru mutațiile hMSH6 frameshift; -/-, homozigot pentru mutațiile hMSH6 frameshift.
Spectrul mutațiilor genei hprt în celulele MSH6 (+/+) și MSH6 (-/-). Structura ADNc a genei hprt este prezentată (sunt indicați doar exonii 1 și 9). Exonul 1 începe la perechea de baze 1, iar exonul 9 se termină la perechea de baze 657. Mutațiile sunt reprezentate de următoarele simboluri: ▴, inserarea unui nucleotid; ▾, deleția unui nucleotid; ▿, deleția a două nucleotide; ●, tranziție la perechi de baze C⋅G; ○, tranziție la perechi de baze A⋅T; □, transversie. Numerele indică poziția nucleotidelor mutante. Poziția nucleotidelor mutate în secvențele intronice este indicată ca poziție ADNc - sau + numărul adecvat de nucleotide în introni.
Analiza conținutului de ARNm hMLH1 celular. RT-PCR multiplexat a fost efectuat cu primeri specifici pentru genele hMLH1 și hprt. Liniile celulare LoVo și DLD-1, precum și celulele SW48 tratate timp de 48 de ore cu diferite doze de 5-aza-2'-deoxicitidină (2 μM și 10 μM Aza), au fost utilizate ca martori pozitivi pentru expresia hMLH1. Patru clone hprt - monocelulare obținute din liniile celulare MSH6 (+/+) sau (-/-) au fost analizate pentru expresia hMLH1. Clonele monocelulare 1 și 2 sunt mutanți cu mutații hprt framehift și clonele monocelulare 3 și 4 sunt mutanți cu mutații hprt cu substituție de bază.
Mese
Mutațiile genei hprt detectate în liniile celulare MSH6 (+/+) și MSH6 (-/-)
| 28−2 | a gAT- g gAT | Tranziție | Eroare de îmbinare | 1 | - |
| 65 | T T T-T C T | Tranziție | Missense (Phe → Ser) | - | 1 |
| 98 | A3-A2 | Ștergere | Frameshift | 1 | - |
| 133 | A GG- G GG | Tranziție | Missense (Arg → Gly) | - | 1 |
| 146 | T2-T3 | Inserare | Frameshift | - | 1 |
| 151 | C GA- T GA | Tranziție | Prostii (Arg → stop) | - | 4 |
| 197 | T G T-T A T | Tranziție | Missense (Cys → Tyr) | 1 | - |
| 202 | C TC- T TC | Tranziție | Missense (Leu → Phe) | 1 | - |
| 207 | G6 - G7 | Inserare | Frameshift | 19 | 7 |
| 207 | G6 - G5 | Ștergere | Frameshift | 5 | 1 |
| 325 | C CA GT-CGT | Ștergere | Frameshift | - | 1 |
| 385−2 | a gAA-ggAA | Tranziție | Eroare de îmbinare | 1 | 1 |
| 395 | A T T-A C T | Tranziție | Missense (Ile → Thr) | 1 | - |
| 404 | G A T-G G T | Tranziție | Missense (Asp → Gly) | 1 | - |
| 419 | G G C-G T C | Transversie | Missense (Gly → Val) | - | 1 |
| 421 | A4 - A5 | Inserare | Frameshift | 1 | - |
| 454 | C AG- T AG | Tranziție | Prostii (Gln → stop) | 1 | 4 |
| 483 | A2 - A1 | Ștergere | Frameshift | 1 | - |
| 496 | A4 - A3 | Ștergere | Frameshift | 1 | - |
| 508 | C GA- T GA | Tranziție | Prostii (Arg → stop) | 6 | 17 |
| 532 + 1 | CT g t-CT a t | Tranziție | Eroare de îmbinare | - | 1 |
| 533−2 | a gTT- g gTT | Tranziție | Eroare de îmbinare | 2 | - |
| 533−1 | a g TT-a t TT | Transversie | Eroare de îmbinare | 1 | 1 |
| 568 | G GA- T GA | Transversie | Prostii (Gly → stop) | - | 1 |
| 577 | C TT- A TT | Transversie | Missense (Leu → Ile) | - | 1 |
| 580 | G AC- A AC | Tranziție | Missense (Asp → Asn) | 1 | - |
| 582 | GA C -GA A | Transversie | Missense (Asp → Glu) | 1 | 1 |
| 610−2 | a gCA- g gCA | Tranziție | Eroare de îmbinare | 2 | - |
| 610−1 | a g CA a a CA. | Tranziție | Eroare de îmbinare | 1 | - |
| 610 | C AT- T AT | Tranziție | Missense (His → Tyr) | 1 | 6 |
| Total | 50 | 50 |