Epidemiologia genomică a primelor etape ale focarului SARS-CoV-2 în Rusia medRxiv
- Găsiți acest autor pe Google Scholar
- Găsiți acest autor pe PubMed
- Căutați acest autor pe acest site
- Record ORCID pentru Ksenia R Safina
- Pentru corespondență: [email protected]
- Găsiți acest autor pe Google Scholar
- Găsiți acest autor pe PubMed
- Căutați acest autor pe acest site
- Pentru corespondență: [email protected]
- Găsiți acest autor pe Google Scholar
- Găsiți acest autor pe PubMed
- Căutați acest autor pe acest site
- Pentru corespondență: [email protected]
- Găsiți acest autor pe Google Scholar
- Găsiți acest autor pe PubMed
- Căutați acest autor pe acest site
- Pentru corespondență: [email protected]
- Găsiți acest autor pe Google Scholar
- Găsiți acest autor pe PubMed
- Căutați acest autor pe acest site
- Pentru corespondență: [email protected]
- Găsiți acest autor pe Google Scholar
- Găsiți acest autor pe PubMed
- Căutați acest autor pe acest site
- Pentru corespondență: [email protected]
- Găsiți acest autor pe Google Scholar
- Găsiți acest autor pe PubMed
- Căutați acest autor pe acest site
- Pentru corespondență: [email protected]
Abstract
Pandemia în curs de desfășurare a SARS-CoV-2 prezintă noi provocări și oportunități pentru utilizarea filogeneticii pentru a înțelege și controla răspândirea acesteia. Aici, analizăm apariția SARS-CoV-2 în Rusia în martie și aprilie 2020. Combinând analiza filogeografică cu datele istoriei călătoriilor, estimăm că diversitatea virală eșantionată a provenit din 67 de introduceri strânse în Rusia, mai ales la sfârșitul lunii februarie până în începutul lunii martie. Toate, cu excepția uneia dintre aceste introduceri au provenit din surse non-chineze, sugerând că închiderea frontierei cu China a contribuit la întârzierea stabilirii SARS-CoV-2 în Rusia. Aceste introduceri au dus la cel puțin 9 linii ruse distincte corespunzătoare transmisiei interne. Un grup remarcabil de transmisie corespundea unui focar nosocomial la spitalul Vreden din Sankt Petersburg; analiza filodinamică a acestui cluster dezvăluie introduceri multiple (2-4) fiecare dând naștere unui număr mare de cazuri, cu un număr de reproducere efectiv inițial ridicat de 3,7 (2,5-5,0).