Cartarea cantitativă a interactomului β al receptorului de estrogen nuclear mediat de ARN în cancerul de sân uman
Subiecte
Abstract
Receptorul nuclear al receptorului estrogen 2 (ESR2, ERβ) modulează proliferarea celulelor canceroase și creșterea tumorii, exercitând un rol oncosuppresiv în cancerul de sân (BC). Proteomica de interacțiune prin purificarea afinității tandem cuplată cu spectrometria de masă a fost aplicată anterior în celulele BC pentru a identifica proteinele care acționează în concordanță cu ERβ pentru a controla funcțiile celulare cheie, inclusiv transcrierea genelor, splicarea ARN și reglarea ARNm post-transcripțională. Aceste studii au relevat o implicare a ARN-ului în asamblarea și funcțiile interacțiunii ERβ. Prin aplicarea purificării complexului de proteine native urmată de nano LC-MS/MS înainte și după in vitro Îndepărtarea ARN-ului a generat un set de date mare de interacțiori ERβ nucleari nou identificați, inclusiv un subset care se asociază cu receptorul prin intermediul Acoperirea ARN-ului. Aceste seturi de date vor fi utile pentru a investiga în continuare rolul ERβ, al ARN-urilor nucleare și al celorlalte proteine identificate aici în BC și alte tipuri de celule.
| Tipul (tipurile) de proiectare | proiectare grup paralel • proiectare comparare tip celular • obiectiv de identificare a interacțiunii proteinei și ARN-ului |
| Tipul (tipurile) de măsurare | detectarea interacțiunii proteine-proteine |
| Tipuri de tehnologie | nanofluor cromatografie lichidă-spectrometrie de masă tandem |
| Tip (factori) de factor | genotip • condiție experimentală • replică biologică |
| Caracteristică (e) eșantion | celula nemuritoare de linie celulară derivată din sân uman |
Context și rezumat
Identificarea și caracterizarea complexelor multiproteice implicate în funcțiile ERβ este un pas critic pentru identificarea bazelor moleculare ale semnalizării sale în celulele BC. Proteomica de interacțiune, care combină purificarea complexelor de proteine native și identificarea prin spectrometrie de masă, este standardul de aur pentru a obține astfel de informații, iar noi și alții am cartografiat interacții ERβ ai celulelor umane în diferite condiții experimentale 14-19. Prin această abordare, am demonstrat recent că ERβ poate interacționa cu AGO2 în celulele BC și că aceasta este mediată de unul sau mai mulți ARN 19, sugerând pentru prima dată că ARN joacă un rol în asamblarea și/sau stabilizarea interactomilor ERβ, așa cum deja prezentat pentru alți receptori nucleari 20-22 .
În studiul de față am generat noi seturi de date de proteine care interacționează cu ERβ prin purificarea complexelor native extrase din nucleele celulelor MCP-7 care exprimă ERβ (Ct-ERβ) MCF-7 marcate cu capătul terminal înainte și după tratamentul cu RNase, urmate de proteomică cantitativă fără etichete (Fig. 1). Rezultatele oferă o vedere extinsă a interacțiunii nucleare ERβ a celulelor BC, inclusiv identificarea interacțiunilor proteină-proteină mediată de ARN, care poate fi acum exploatată nu numai pentru a înțelege bazele moleculare ale activităților ERβ, ci și funcțiile tuturor celorlalte proteine identificate.
