Studiul Asociației Genom-Wide despre aspectul cerealelor și calitatea frezării într-o colecție mondială de

A contribuit în mod egal la această lucrare cu: Xianjin Qiu, Yunlong Pang

Centrul de cercetare a ingineriei de afiliere pentru ecologie și utilizare agricolă a zonelor umede, Ministerul Educației/Colegiul Agriculturii, Universitatea Yangtze, Jingzhou 434025, China

A contribuit în mod egal la această lucrare cu: Xianjin Qiu, Yunlong Pang

Institutul de afiliere a științei culturilor/Facilitatea națională cheie pentru resursele genei culturilor și îmbunătățirea genetică, Academia Chineză de Științe Agricole, Beijing 100081, China

Centrul de cercetare a ingineriei de afiliere pentru ecologie și utilizare agricolă a zonelor umede, Ministerul Educației/Colegiul Agriculturii, Universitatea Yangtze, Jingzhou 434025, China

Afilieri Institutul de Științe ale Culturilor/Facilitate cheie națională pentru resursele genetice ale culturilor și îmbunătățirea genetică, Academia Chineză de Științe Agricole, Beijing 100081, China, Institutul de Creștere și Inovare Shenzhen, Academia Chineză de Științe Agricole, Shenzhen 518120, China

Afilieri International Rice Research Institute, DAPO Box 7777, Metro Manila, Filipine, CIRAD, UMR AGAP, F-34398 Montpellier, Franța

Afilierea Institutului internațional de cercetare a orezului, caseta DAPO 7777, Metro Manila, Filipine

Xianjin Qiu,
Yunlong Pang,
Zhihua Yuan,
Danying Xing,
Jianlong Xu,
Michael Dingkuhn,
Zhikang Li,
Guoyou Ye

Cifre

Abstract

Citare: Qiu X, Pang Y, Yuan Z, Xing D, Xu J, Dingkuhn M și colab. (2015) Studiul Asociației Genom-Wide despre aspectul cerealelor și calitatea măcinării într-o colecție mondială de germoplasmă de orez Indica. PLOS ONE 10 (12): e0145577. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0145577

Editor: Rattan Singh Yadav, Universitatea Aberystwyth, REGATUL UNIT

Primit: 24 septembrie 2015; Admis: 4 decembrie 2015; Publicat: 29 decembrie 2015

Disponibilitatea datelor: Toate datele relevante se află în hârtie și în fișierele sale de informații de suport.

Finanțarea: Această cercetare a fost acordată de Global Rice Science Partnership (GRiSP), Programul național de cercetare și dezvoltare 863 de înaltă tehnologie de la Ministerul Științei și Tehnologiei din China (2014AA10A601), Planul Peacock Shenzhen, Fundația pentru Științe Naturale din China (31461143014, 31261140369) și Centrul de inovare colaborativă Hubei pentru industria cerealelor.

Interese concurente: Autorii au declarat că nu există interese concurente.

Introducere

Majoritatea trăsăturilor de determinare a calității orezului sunt moștenite cantitativ, controlate de gene multiple/QTL [2] și afectate de mediul în creștere [4]. În ceea ce privește alte trăsături complexe, cartarea QTL utilizând populații biparentale derivate din liniile parentale de performanță de contrast a fost utilizată pe scară largă pentru a identifica QTL pentru diferite trăsături de calitate a orezului. În ultimele decenii au fost raportate multe gene/QTL pentru calitatea aspectului boabelor de orez și calitatea măcinării. GW1-1 și GW1-2 [5], qGRL1.1 [6], GS2 [7], GW3 și GW6 [8], qGL-4b [9], qPGWC-7 [10] qGL-7 [11], qGRL7.1 [6], gw8.1 [12], gw9.1 [13], tgw11 [14] au fost cartografiate bine. GW2 [15], GS3 [16], qGL-3 [17], qSW5 [18], GS5 [19], Chalk5 [20], TGW6 [21], GW6a [22], SRS1 [23], GL7/GW7 [24, 25], GW8 [26] și CycT1; 3 [27] au fost clonate. Utilitatea unora dintre genele bine caracterizate/QTL a fost dovedită într-o populație indica cu diverse linii de reproducere [4].

Cu toate acestea, cartografierea QTL utilizând o singură populație bi-parentală are câteva limitări importante, inclusiv necesitatea de a crea o populație segregatoare pentru trăsătura țintă, capacitatea de a evalua doar două alele pe locus și numărul limitat de meioză. Doar un număr limitat de QTL poate fi identificat, deoarece poate fi detectat doar QTL pentru care diferă cei doi părinți. Având în vedere sfera limitată a fiecărui studiu, cartografierea aceleiași trăsături în diferite populații bi-parentale poate produce QTL diferite. Este posibil ca mai mult de două alele să se separe pe locus, iar direcțiile efectelor QTL pot varia în funcție de fundalul genetic din cauza epistozei, pleiotropiei și interacțiunii QTL-după-mediu (QEI) [28].