Stabilitate și reprezentare a transcriptomului liniar hematopoietic în periferic colectat PAXgene ™
Informații despre articol
Laborator de bază pentru colaborare în cercetarea medicinii translaționale, Centrul Sir James Black, Dow Street, Universitatea din Dundee, DD1 5EH, Marea Britanie Tel: 44 (0) 1382 386 349; Fax: 44 (0) 1382 386 419; Email: [email protected] sau [email protected] * Autorii au contribuit în mod egal la această lucrare.
Abstract
Introducere
Dezvoltarea biomarkerilor de înaltă calitate pentru progresia bolii, implicarea țintă, efectele farmacodinamice și eficacitatea compusului este esențială pentru eforturile de cercetare translațională care vizează stabilirea unei medicamente personalizate. Cu toate acestea, identificarea acestor biomarkeri este frecvent îngreunată de lipsa accesului la țesuturile țintă cu implicare biologică directă. Ca atare, sângele periferic (PB) a devenit o sursă din ce în ce mai atractivă de material surogat în locul țesutului țintă, ca obiectiv pentru descoperirea și aplicarea biomarkerilor, reprezentând una dintre cele mai disponibile și practice surse de material biologic colectat în cadrul clinicii și care permite o metodă în mare parte neinvazivă de analize repetate în cadrul aceluiași pacient (Burczynski și Dorner, 2006).
Profilarea transcripțională din PB poate fi realizată utilizând o serie de metodologii și fluxuri de lucru asociate; de exemplu a) sânge integral, b) fracțiuni mononucleare îmbogățite (PBMC) sau c) linii hematopoietice specifice selectate/îmbogățite. Bineînțeles, fiecare dintre aceste abordări posedă avantaje și dezavantaje distincte. Reprezentarea descendenței hematopoietice în PBMC-uri sau fracțiuni selectate/îmbogățite, deși nu necesită introducerea strategiilor de reducere a globinei înainte de experimentele cu microarray, este limitată în mod natural la liniile studiate și, prin urmare, mai multe linii celulare sunt omise din analize ulterioare. Profilarea globală a ARN-ului din sânge integral, deși este de preferat pentru a capta transcriptomul de sânge în întregime, a solicitat în mod tradițional strategii de reducere a globinei înainte de generarea sondei pentru analiza microarrayului, pentru a reduce interferența transcrierilor de globină cu sondele matrice. În plus față de creșterea etapelor de procesare, aceste proceduri adaugă riscul modulației artefactual a transcriptomului și utilitatea strategiilor de reducere a globinei au fost puse la îndoială în mai multe rapoarte (Liu și colab. 2006; Li și colab. 2008; Dumeaux și colab. 2008).
Consistența datelor de profilare a expresiei genice a sângelui integral depinde în mare măsură de metoda de stabilizare a probei utilizată la flebotomie sau în timpul depozitării (Debey și colab. 2006; Rainen și colab. 2002). Există tehnologii pentru colectarea și stocarea probelor de sânge integral, concepute pentru a depăși problemele asociate cu colectarea clinică și stabilitatea transcriptomului PB. Unul dintre acestea, sistemul de ARN din sânge PAXgene ™ (PreAnalytiX, Hornbrechtikon, Elveția) constă dintr-un tub de ARN PAXgene ™ evacuat pentru colectarea sângelui și un kit de procesare pentru izolarea ARN-ului total din sângele integral. Tubul de colectare PAXgene ™ conține un reactiv propriu despre care se raportează că stabilizează imediat ARN-ul intracelular până la 3 zile la temperatura camerei. Potențialul de a minimiza cerința pentru prelucrarea urgentă a probelor prin creșterea stabilității clinice a transcriptomului probei în această matrice este esențial pentru descoperirea biomarkerilor robusti.