Reconstrucția moleculară a dietei în probe de scaun uman

Frank Maixner

un Eurac Research - Institutul pentru Studii Mumice, Bolzano, Italia

reconstrucția

ABSTRACT

Înțelegerea efectelor dietetice asupra compoziției microbiene intestinale este una dintre întrebările cheie în cercetarea microbiomului uman. Este foarte important să aveți date dietetice fiabile asupra probelor de scaun pentru a lega fără echivoc compoziția microbiomului de aportul alimentar. Cu toate acestea, adesea, sondajele de dietă auto-raportate au o precizie scăzută și pot fi înșelătoare. Astfel, metode suplimentare bazate pe biologia moleculară ar putea ajuta la revizuirea compoziției dietei. Articolul de Reese și colab. [A. T. Reese, TR Kartzinel, BL Petrone, PJ Turnbaugh și colab., MSystems 4 (5): e00458-19, 2019, https://doi.org/10.1128/mSystems.00458-19] într-un număr recent de mSystems descrie o strategie de metabarcodare a ADN care vizează markeri de ADN cloroplast în probe de scaun de la 11 subiecți umani care consumă atât regimuri controlate, cât și regimuri selectate liber. Scopul acestui studiu a fost de a evalua eficiența acestei metode moleculare în detectarea rămășițelor vegetale în eșantion comparativ cu înregistrările dietetice scrise. Acest studiu prezintă un prim pas important în implementarea reconstrucțiilor dietetice moleculare în studiile privind microbiomul scaunului care vor ajuta în cele din urmă la creșterea preciziei metadatelor dietetice.

COMENTARIU

Dieta este un factor extern important care influențează compoziția microbiomului intestinal uman. Diverse studii au arătat efectele modificărilor dietetice asupra microbilor intestinali care pot avea ulterior un impact asupra fiziologiei umane (1). Configurarea experimentală a acestor studii a inclus adesea o schimbare majoră a macronutrienților individuali (de exemplu, dieta bogată în fibre) (2). Cu toate acestea, întrucât macronutrienții sunt rar consumați izolat, acele studii asupra microbiomului intestinal uman trebuie să se bazeze, în plus, pe anchete de auto-raportare a dietei umane. Acest lucru aduce eroarea umană în joc, rezultând sondaje dietetice inexacte din cauza prejudecăților asociate cu memoria umană (3). Prin urmare, ar fi de cea mai mare importanță să includem în viitoarele studii dietetice-microbiom metode moleculare suplimentare care permit o reconstrucție dietetică independentă a probelor de scaun analizate.