P K a măsurători pentru provocarea de predicție SAMPL6 pentru un set de fragmente asemănătoare inhibitorului kinazei

Abstract

Aceasta este o previzualizare a conținutului abonamentului, conectați-vă pentru a verifica accesul.

Opțiuni de acces

Cumpărați un singur articol

Acces instant la PDF-ul complet al articolului.

Calculul impozitului va fi finalizat în timpul plății.

Abonați-vă la jurnal

Acces online imediat la toate numerele începând cu 2019. Abonamentul se va reînnoi automat anual.

Calculul impozitului va fi finalizat în timpul plății.

măsurători

Aici, stilul schemei ilustrative a microstatelor a fost adoptat din [24], și p microscopic determinat de RMNKîn ceea ce privește cetirizina au fost luate din [25]

Subfigura microscopică a cisteinei pKașa cum a fost reprodus pe baza [19]

Abrevieri

Evaluarea statistică a modelării proteinelor și liganzilor

\ (-> \) constantă de echilibru de disociere a acidului

\ (-> \) constanta de echilibru aparenta a disocierii acidului in prezenta cosolventului

Eroare standard a mediei

Analiza factorului țintă

Cromatografie lichidă - spectrometrie de masă

Spectroscopie prin rezonanță magnetică nucleară

Corelație heteronucleară cu legături multiple

Referințe

Mobley DL, Chodera JD, Isaacs L, Gibb BC (2016) Avansarea modelării predictive prin dezvoltarea focalizată a sistemelor de modele pentru a conduce noi inovații de modelare. UC Irvine: Departamentul de Științe Farmaceutice, UCI. https://escholarship.org/uc/item/7cf8c6cr. Accesat la 16 mai 2018

Resurse de date pentru proiectarea medicamentelor, SAMPL. https://drugdesigndata.org/about/sampl. Accesat la 16 mai 2018

Nicholls A, Mobley DL, Guthrie JP, Chodera JD, Bayly CI, Cooper MD, Pande VS (2008) Prezicerea energiilor libere de solvație cu molecule mici: un test informal nevăzător pentru chimia computațională. J Med Chem 51 (4): 769-779. https://doi.org/10.1021/jm070549+

Guthrie JP (2009) O provocare oarbă pentru energiile libere de solvație de calcul: introducere și prezentare generală. J Phys Chem B 113 (14): 4501-4507

Skillman AG, Geballe MT, Nicholls A (2010) Provocarea SAMPL2: predicția energiilor de solvabilitate și a rapoartelor tautomer. J Comput Aided Mol Des 24 (4): 257-258. https://doi.org/10.1007/s10822-010-9358-0

Geballe MT, Skillman AG, Nicholls A, Guthrie JP, Taylor PJ (2010) Provocarea SAMPL2 de predicție oarbă: introducere și prezentare generală. J Comput Aided Mol Des. 24 (4): 259-279. https://doi.org/10.1007/s10822-010-9350-8

Skillman AG (2012) SAMPL3: predicție orbită a afinităților de legare gazdă - oaspete, energii fără hidratare și inhibitori ai tripsinei. J Comput Aided Mol Des. 26 (5): 473–474. https://doi.org/10.1007/s10822-012-9580-z

Geballe MT, Guthrie JP (2012) Provocarea SAMPL3 de predicție oarbă: transferul de energie de ansamblu. J Comput Aided Mol Des 26 (5): 489–496. https://doi.org/10.1007/s10822-012-9568-8

Muddana HS, Varnado CD, Bielawski CW, Urbach AR, Isaacs L, Geballe MT, Gilson MK (2012) Predicție oarbă a afinităților de legare gazdă - oaspete: o nouă provocare SAMPL3. J Comput Aided Mol Des 26 (5): 475-487. https://doi.org/10.1007/s10822-012-9554-1

Guthrie JP (2014) SAMPL4, o provocare oarbă pentru energiile libere de solvație de calcul: compușii considerați. J Comput Aided Mol Des 28 (3): 151-168. https://doi.org/10.1007/s10822-014-9738-y

Mobley DL, Wymer KL, Lim NM, Guthrie JP (2014) Predicție oarbă a energiilor libere de solvație din provocarea SAMPL4. J Comput Aided Mol Des 28 (3): 135-150. https://doi.org/10.1007/s10822-014-9718-2

Muddana HS, Fenley AT, Mobley DL, Gilson MK (2014) SAMPL4 host - guest blind prediction challenge: a overview. J Comput Aided Mol Des 28 (4): 305-317. https://doi.org/10.1007/s10822-014-9735-1

Mobley DL, Liu S, Lim NM, Wymer KL, Perryman AL, Forli S, Deng N, Su J, Branson K, Olson AJ (2014) Predicție oarbă a legării integrazei HIV din provocarea SAMPL4. J Comput Aided Mol Des 28 (4): 327-345. https://doi.org/10.1007/s10822-014-9723-5

Yin J, Henriksen NM, Slochower DR, Shirts MR, Chiu MW, Mobley DL, Gilson MK (2017) Prezentare generală a gazdei SAMPL5 - provocare pentru oaspeți: mergem mai bine? J Comput Aided Mol Des 31 (1): 1-19. https://doi.org/10.1007/s10822-016-9974-4

Bannan CC, Burley KH, Chiu M, Shirts MR, Gilson MK, Mobley DL (2016) Predicție oarbă de ciclohexan - coeficienți de distribuție a apei din provocarea SAMPL5. J Comput Aided Mol Des 30 (11): 1-18. https://doi.org/10.1007/s10822-016-9954-8

Bannan CC, Burley KH, Chiu M, Shirts MR, Gilson MK, Mobley DL (2016) Predicție oarbă a coeficienților de distribuție ciclohexan-apă din provocarea SAMPL5. J Comp Mol-Aided Mol Des 30 (11): 927-944. https://doi.org/10.1007/s10822-016-9954-8

Rustenburg AS, Dancer J, Lin B, Feng JA, Ortwine DF, Mobley DL, Chodera JD (2016) Măsurarea ciclohexanului experimental - coeficienți de distribuție a apei pentru provocarea SAMPL5. J Comp Mol-Aided Mol Des 30 (11): 945-958. https://doi.org/10.1007/s10822-016-9971-7

Pickard FC, König G, Tofoleanu F, Lee J, Simmonett AC, Shao Y, Ponder JW, Brooks BR (2016) Predicție oarbă a distribuției în provocarea SAMPL5 cu protomer bazat pe QM și corecții pK a. J Comp-Aided Mol Des 30 (11): 1087–1100. https://doi.org/10.1007/s10822-016-9955-7

Bodner GM (1986) Atribuirea pKa-urilor acizilor poliprotici. J Chem Educ 63 (3): 246

Darvey IG (1995) Atribuirea valorilor pKa grupărilor funcționale din aminoacizi. Wiley, New York

Bezençon J, Wittwer MB, Cutting B, Smieško M, Wagner B, Kansy M, Ernst B (2014) Determinarea pKa prin spectroscopie 1H RMN - o metodologie veche revizuită. J Pharm Biomed Anal 93: 147–155. https://doi.org/10.1016/j.jpba.2013.12.014

Elson EL, Edsall JT (1962) Spectrele Raman și constantele de ionizare sulfhidril ale acidului tioglicolic și ale cisteinei. Biochimie 1 (1): 1-7

Elbagerma MA, Edwards HGM, Azimi G, Scowen IJ (2011) Determinarea spectroscopică Raman a constantelor de aciditate ale salicilaldoximei în soluție apoasă. J Raman Spectrosc 42 (3): 505-511. https://doi.org/10.1002/jrs.2716

Rupp M, Korner R, V Tetko I (2011) Prezicerea pKa moleculelor mici. Comb Chem Ecran de înaltă performanță 14 (5): 307-327

Marosi A, Kovács Z, Béni S, Kökösi J, Noszál B (2009) Acid triprotic - microechilibru bazic și sechele farmacocinetice ale cetirizinei. Eur J Pharm Sci 37 (3-4): 321-328. https://doi.org/10.1016/j.ejps.2009.03.001