Mușchiul scheletic de șoarece mdx regenerat prezintă expresie diferențială a ARNm Journal of Applied

Divizia de Neurologie a Copilului, Departamentul de Neurologie, Universitatea din California la San Francisco, San Francisco, California 94143;

Centrul de Cercetare pentru Medicina Genetica, Centrul Medical National al Copiilor, Washington, Districtul Columbia 20010; Departamentele din

Științe biomedicale veterinare,

Departamentul de Științe Biologice, Universitatea de Stat din New York la Buffalo, Buffalo, New York 14260-1300

Patobiologie veterinară, Universitatea Missouri din Columbia, Columbia, Missouri 65211; și

Centrul de Cercetare pentru Medicina Genetica, Centrul Medical National al Copiilor, Washington, Districtul Columbia 20010; Departamentele din

Științe biomedicale veterinare,

Abstract

În ciuda a peste 3.000 de articole publicate despre distrofină în ultimii 15 ani, motivele care stau la baza evoluției bolii umane, implicarea musculară diferențială și fenotipurile disparate la diferite specii nu sunt înțelese. Prezentul experiment a folosit un ecran de 12.488 mARN la un șoarece vechi de 16 săptămâni mdx mușchi într-un moment în care mușchiul scheletic evită fiziopatologia distrofică severă, în ciuda absenței unei proteine distrofine funcționale. Un număr de transcrieri ale căror niveluri diferă între mdx și distrofia musculară Duchenne umană. O scădere de patru ori a ARNm miostatinei în mdx s-a remarcat mușchiul. Reglarea diferențială a proteinei asociate cu actina 2/3 (subunitatea 4), a β-timozinei, a calponinei, a chimazei mastocitare și a ARNm-ului guanidinoacetat metiltransferazei mdx a fost, de asemenea, observat. Transcripții pentru enzimele oxidative și glicolitice din mdx mușchiul nu a fost reglat în jos. Aceste discrepanțe ar putea oferi candidați pentru căi de salvare care mențin integritatea mușchilor scheletici în absența unei proteine distrofine funcționale în mdx mușchi scheletic.

Animale.

Normal [C57Bl10 (negru 10)] și mdx [C57Bl10 (negru 10)mdx/mdx] șoareci au fost crescuți de Dr. Joseph A. Granchelli (Universitatea din New York la Buffalo, New York) din perechile originale de reproducere furnizate de laboratoarele Jackson (Bar Harbor, MA).

Prelucrarea ARN-ului.

Analiza matricei GeneChip.

Au fost efectuate două scanări din fiecare matrice: o scanare a anticorpilor preconjugați (S1) și o scanare după biotină, streptavidină și amplificarea ficoeritrinei (S2). Dacă seturile de sonde au fost considerate a fi „saturate” pe S2, atunci diferențele medii normalizate (postscalare) ale S1 au fost utilizate pentru acel set de sonde. Am considerat o probă setată pentru a arăta dovezi de saturație pentru șapte gene atunci când o analiză comparativă a S1 vs. S2 pentru același GeneChip a arătat o diferență semnificativă între valorile medii ale diferenței (de exemplu, valoarea diferenței medii normalizate nu a fost reprodusă între S1 și S2 pentru același set de sonde). În cele din urmă, toate apelurile rămase cu o rată de descoperire falsă (FDR) de

Tabelul 1. ARNm exprimate diferențial în mușchiul gastrocnemius mdx în vârstă de 16 săptămâni, comparativ cu controalele potrivite pentru vârstă

Modificările de pliere sunt relative la control, unde controlul = 1,00, I, creșterea pliurilor; D, ori micșorați. Elevi t-sunt prezentate rezultatele testelor. Rata de descoperire falsă (FDR) ajustată se dau valori. MAC-1, complex de atac de membrană-1; EST, etichete de secvență exprimate; HSP, proteină de șoc termic; TGF, feedback tubuloglomerular; VCAM-1, molecula 1 de adeziune a celulelor vasculare; VLDL, o lipoproteină cu densitate foarte mică.