GitHub - EGA-archiveega-download-client Un client de bază pentru descărcare EGA bazat pe Python

Client de descărcare EGA: pyEGA3

bază

Clientul de descărcare pyEGA3 este un instrument bazat pe Python pentru vizualizarea și descărcarea fișierelor din seturi de date EGA autorizate. pyEGA3 utilizează EGA Data API și are mai multe caracteristici cheie:

  • Fișierele sunt transferate prin conexiuni securizate https și primite necriptate, deci nu este nevoie de decriptare după descărcare.
  • Descărcările se reiau de unde au rămas în cazul în care conexiunea este întreruptă.
  • pyEGA3 acceptă segmentarea fișierelor și descărcarea paralelă a segmentelor, îmbunătățind performanța generală.
  • După finalizarea descărcării, integritatea fișierului este verificată folosind sumele de verificare.
  • pyEGA3 implementează protocolul htsget conform GA4GH pentru descărcarea intervalelor genomice pentru fișiere de date cu fișiere index însoțitoare.

Un tutorial video care demonstrează utilizarea pyEGA3 de la instalare prin descărcarea fișierului este disponibil aici.

pyEGA3 efectuează apeluri https către EGA AAI (https://ega.ebi.ac.uk:8443) și EGA Data API (https://ega.ebi.ac.uk:8052). Porturile 8443 și 8052 trebuie să fie accesibile ambele din locația în care se execută pyEGA3 pentru a evita expirările.

Pentru utilizatorii Linux/Mac, verificați dacă porturile 8443 și 8052 sunt deschise executând următoarele comenzi:

Dacă porturile sunt deschise, comenzile ar trebui să imprime CONNECTED la terminal.

Pentru utilizatorii de Windows, verificați dacă porturile 8443 și 8052 sunt deschise accesând următoarele adrese URL:

Dacă porturile sunt deschise, ambele site-uri trebuie încărcate fără expirări.

Instalare și actualizare

Instalați pyEGA3 folosind pip3.

Actualizați pyEGA3, dacă este necesar, utilizând pip3.

Testați-vă instalarea pip3 executând pyEGA3.

Folosind conda (canal bioconda)

Instalați pyEGA3 folosind conda.

Actualizați pyEGA3, dacă este necesar, folosind conda.

Testați-vă instalarea conda rulând pyEGA3.

Clonați depozitul GitHub ega-download-client.

Navigați la directorul unde a fost clonat depozitul.

Sunt furnizate trei scripturi pentru a instala mediul Python necesar în funcție de sistemul de operare gazdă.

  • Linux (Red Hat): red_hat_dependency_install.sh
  • Linux: debian_dependency_install.sh
  • macOS: osx_dependency_install.sh

Executați scriptul corespunzător sistemului de operare gazdă. De exemplu, dacă utilizați Red Hat Linux, rulați:

Testați-vă instalarea GitHub executând pyEGA3.

Utilizare - Descărcare fișier

Testarea instalării pyEGA3

Vă recomandăm ca toate instalațiile proaspete ale pyEGA3 să fie testate. A fost creat un cont de testare care poate fi folosit (-t) pentru a testa următoarele acțiuni pyEGA3:

Enumerați seturile de date disponibile pentru contul de testare