Combinarea genomicii virale și a datelor de sănătate publică a dezvăluit noi detalii despre focarele de oreion
În 2016 și 2017, o creștere a cazurilor de oreion la universitățile din Boston a determinat cercetătorii să studieze transmiterea virusului oreionului folosind date genomice, în colaborare cu Departamentul de Sănătate Publică din Massachusetts și serviciile de sănătate ale universităților locale. Pe măsură ce focarele s-au desfășurat, echipele au analizat genomurile virusului oreionului colectate de la pacienți, dezvăluind noi legături între cazurile care au apărut pentru prima dată fără legătură și alte detalii despre cum sa răspândit boala, care nu au fost evidente din ancheta epidemiologică.
Echipele și-au împărtășit datele secvențiale și descoperirile în timp real în timpul focarelor, atât reciproc, cât și cu comunitatea științifică mai largă, iar acum își raportează concluziile în PLOS Biology.
Analiza genomilor virali dintr-un focar poate arăta cum evoluează și se transmite un virus - date care pot ajuta oficialii din sănătatea publică să încetinească și să oprească răspândirea bolii.
„Datele genomice de înaltă rezoluție despre un virus, colectate din probe de pacienți, ne permit să reconstituim părți ale unui focar care nu sunt evidente la început”, a declarat co-autorul Pardis Sabeti, membru al institutului de la Broad Institute, profesor la Harvard Universitatea și investigatorul Institutului Medical Howard Hughes. „Cu cât înțelegem mai bine lanțurile de transmisie în astfel de situații, cu atât putem informa mai bine eforturile de a controla focarele și de a elabora strategii pentru a le prevedea și opri în viitor.”
În Massachusetts, rata tipică a oreionului este mai mică de 10 cazuri pe an - dar peste 250 de cazuri au fost raportate în 2016 și peste 170 în 2017, în ciuda unor rate ridicate de vaccinare. Multe dintre cazuri au provenit din 18 colegii și universități din stat, inclusiv Universitatea Harvard, Universitatea Massachusetts Amherst și Universitatea Boston (aceste trei universități au îndeplinit anumite criterii pentru a asigura protecția confidențialității pacienților în acest studiu și au fost de acord să fie numiți în ziar) . Alte focare au izbucnit în altă parte din Boston și din toată țara în același timp.
Aceste tipare de cazuri au ridicat întrebări cu privire la cât de mult circula virusul în populațiile din Massachusetts și SUA. Pentru a afla mai multe, echipele de cercetare au asociat date epidemiologice tradiționale cu analiza secvențelor genomului virusului oreionului de la 201 de persoane infectate, concentrându-se în principal pe comunitățile universitare din Massachusetts.
Perspective de oreion
Datele genomice virale au dezvăluit detalii despre focarele din zona Bostonului care nu au putut fi reconstituite bazându-se doar pe abordări mai tradiționale. De exemplu, cercetătorii au descoperit o legătură clară între cazurile de la Harvard și un focar din East Boston, care au fost clasificate ca focare distincte în timpul anchetei inițiale de sănătate publică.