Adnotarea funcțională a tuturor genomurilor salmonidelor (FAASG) este o inițiativă internațională care susține viitorul
Abstract
Descriem o inițiativă emergentă - „Adnotarea funcțională a tuturor genomurilor salmonidelor” (FAASG), care va valorifica diversitatea vastă a trăsăturilor care a evoluat de la un eveniment întreg de duplicare a genomului în strămoșul salmonidului, pentru a dezvolta o înțelegere integrativă a bazei genomice funcționale. de variație fenotipică. Rezultatele FAASG vor avea diverse aplicații, variind de la o mai bună înțelegere a evoluției genomului, până la îmbunătățirea eficienței și sustenabilității producției de acvacultură, susținând viitorul cercetării fundamentale și aplicate într-o linie de pești emblematică de importanță socială majoră.
Importanța peștilor salmonizi: de la evoluție la producția durabilă de alimente
Salmonidele au combinat o importanță științifică, socială și economică, care este unică în rândul peștilor (revizuită în [1]). Acestea sunt distribuite în mod natural în habitate proaspete și marine în toată emisfera nordică și au fost introduse în America de Sud, Australia, Africa și Orientul Mijlociu. Ei îndeplinesc funcții ecologice cheie, de ex. [2], dar multe populații sunt în scădere, iar efortul extins este îndreptat spre conservarea și gestionarea lor, în special în ceea ce privește schimbările antropogene, de ex. [3]. Salmonidele includ cel puțin 70 de specii (dar sunt uneori clasificate ca> 200), posedând o bogată diversitate de adaptări și strategii de istorie a vieții [4]. Marea diversitate fenotipică dintre salmonide oferă un sistem de studiu excelent pentru a înțelege divergența adaptativă și speciația ecologică [4, 5] și a fost potențial facilitată de o duplicare a genomului întreg (WGD) în strămoșul lor comun
95 Mya [6, 7]. Acvacultura și capturarea salmonidelor (în special a somonului Atlantic Salmo salar Teren Oncorhynchus spp.) joacă un rol important în securitatea economică și/sau alimentară a mai multor națiuni, reprezentând 7,2/16,6% din totalul peștelui comercializat în termeni de pondere în greutate/valoare [8].
Motivul inițiativei FAASG
Cadrul comparativ-evolutiv al FAASG. Sunt prezentate speciile țintă inițiale pentru adnotarea funcțională (a se vedea tabelul 1) și relațiile lor evolutive (arborele calibrat în timp după [7]). Speciile selectate provin din toate cele trei subfamilii de salmonide. Poziția WGD specifică salmonidelor este evidențiată (după [7, 9, 10]), împreună cu numele latine ale genurilor. Nu sunt prezentate specii suplimentare de salmonide care sunt potențiale ținte viitoare pentru adnotarea funcțională. Două descendențe în care se crede că anamonia istoriei vieții a evoluat independent sunt evidențiate „A” (după [47]). Starea resurselor de genomică este prezentată în dreapta arborelui: pătratele și cercurile indică ansambluri de genom și respectiv transcriptom (gri închis = resursă publicată sau aproape de publicare; gri deschis = resursă în dezvoltare activă; „Ch” = ansamblu genom ancorat în cromozom)