Normalizarea datelor metabolomice cu EigenMS

Școala de afiliere de matematică și fizică, Universitatea din Tasmania, Hobart, TAS, Australia

Afiliere Menzies Research Institute Tasmania, Universitatea din Tasmania, Hobart, TAS, Australia

Laborator Central de Științe de Afiliere, Universitatea din Tasmania, Hobart, TAS, Australia

Affiliations Center of Human & Aerospace Physiological Sciences, King’s College London, London, United Kingdom, Fibrosis Discovery Performance Unit, GlaxoSmithKline R&D, Stevenage, United Kingdom

Yuliya V. Karpievitch,
Sonja B. Nikolic,
Richard Wilson,
James E. Sharman,
Lindsay M. Edwards

Cifre

Abstract

Câmpuri de intensități ale eșantionului în ordine de rulare pe instrument pentru modul ion pozitiv. Fiecare cutie reprezintă un eșantion, fiecare din cele cinci zile este prezentată într-o culoare diferită. Scăderea intensității indică pierderea intensității semnalului în fiecare zi.

Pierderea intensității probelor face mai dificile comparațiile între grupurile experimentale, de asemenea duce la un număr crescut de valori lipsă în probele ulterioare. Astfel, este necesară o proiectare experimentală atentă și randomizarea ordinii de rulare a eșantionului pentru a minimiza introducerea prejudecăților sistematice și orice posibilă confuzie a rezultatelor. Experiența noastră ne conduce să recomandăm utilizarea probelor QC pentru a monitoriza performanța instrumentului LC-MS. De exemplu, am încorporat probe QC pe parcursul experimentelor pentru a ne ajuta să monitorizăm performanța instrumentului. Am utilizat un design de bloc incomplet în care fiecare bloc a constat din patru probe, două diabet și două probe de control într-o ordine aleatorie. Fiecare bloc a fost parantezat de probe QC pentru a permite operatorului să monitorizeze experimentul și să efectueze diagnosticarea sistemului dacă a fost observată o variație a intensității semnalului curselor QC. În acest studiu, probele QC nu au fost utilizate pentru prelucrarea sau normalizarea datelor.