Modele genetice murine ale ratelor de eroare ale obezității de tip I și puterea analizelor utilizate în mod obișnuit ca
Subiecte
Abstract
Context/Obiective
Contribuienții genetici la obezitate sunt frecvent studiați la modelele murine. Cu toate acestea, dimensiunile eșantionului acestor studii sunt adesea mici, iar datele pot încălca ipotezele testelor statistice comune, cum ar fi normalitatea distribuțiilor. Am examinat dacă, în aceste cazuri, ratele și puterea de eroare de tip I sunt afectate de alegerea testului statistic.
Subiecte/Metode
Am efectuat o simulare bazată pe „plasmode” folosind date empirice privind masa corporală (greutate) din modele genetice murine ale obezității. Pentru simularea erorii de tip I, distribuțiile de greutate au fost ajustate pentru a se asigura nicio diferență între medii între grupurile de control și grupurile mutante. Pentru simularea puterii, distribuțiile grupurilor mutante au fost schimbate pentru a asigura dimensiuni de efect specifice. Trei până la douăzeci de șoareci au fost resamplați din distribuțiile empirice pentru a crea un plasmod. Apoi am calculat ratele și puterea de eroare de tip I pentru cinci teste comune pe plasmode: Student’s t test, Welch’s t test, suma de rang Wilcoxon test (aka, Mann - Whitney U test), test de permutare și test bootstrap.
Rezultate
Am observat umflarea de eroare de tip I pentru toate testele, cu excepția testului bootstrap, cu probe mici ((5). Inflația de eroare de tip I a scăzut pe măsură ce mărimea eșantionului a crescut (≥8), dar a rămas. Testul Wilcoxon trebuie evitat datorită eterogenității distribuțiilor. Pentru putere, s-a observat o abatere de la referință cu probe mici pentru toate testele. Comparativ cu alte teste, testul bootstrap a avut mai puțină putere cu probe mici.
Concluzii
În general, testul bootstrap este recomandat pentru eșantioane mici, pentru a evita umflarea erorilor de tip I, dar acest beneficiu vine cu costul unei puteri mai mici. Când dimensiunea eșantionului este suficient de mare, Welch’s t testul este recomandat din cauza puterii mari cu umflarea minimă a erorii de tip I.
Opțiuni de acces
Abonați-vă la Jurnal
Obțineți acces complet la jurnal timp de 1 an
doar 31,08 EUR pe număr
Toate prețurile sunt prețuri NET.
TVA va fi adăugat mai târziu în casă.
Închiriați sau cumpărați articol
Obțineți acces limitat la timp sau la articol complet pe ReadCube.
Toate prețurile sunt prețuri NET.
Referințe
Centrul Național pentru Înlocuirea, Rafinarea și Reducerea Animalelor în Cercetare (NC3Rs). https://www.nc3rs.org.uk/. Accesat la 12 februarie 2019.
Allison DB, Brown AW, George BJ, Kaiser KA. Reproductibilitate: o tragedie a erorilor. Natură. 2016; 530: 27-9.
Brown AW, Kaiser KA, Allison DB. Probleme cu datele și analizele: erori, teme de bază și soluții potențiale. Proc Natl Acad Sci. 2018; 115: 2563-70.
Academiile Naționale de Științe, Inginerie și Medicină. Probleme de reproductibilitate în cercetarea cu animale și modele de animale: atelier pe scurt. Washington, DC: National Academies Press; 2015. p. 8.
Begley CG, Ioannidis JP. Reproductibilitatea în știință: îmbunătățirea standardului pentru cercetarea de bază și preclinică. Circ Res. 2015; 116: 116–26.
Begley CG, Ellis LM. Ridicați standardele pentru cercetarea preclinică a cancerului. Natură. 2012; 483: 531.
Kilkenny C, Browne WJ, Cuthill IC, Emerson M, Altman DG. Îmbunătățirea raportării cercetării în domeniul științei biologice: liniile directoare ARRIVE pentru raportarea cercetării pe animale. PLoS Biol. 2010; 8: e1000412.
Smith AJ, Clutton RE, Lilley E, Hansen KEA, Brattelid T. PREPARE: linii directoare pentru planificarea cercetării și testării pe animale. Lab Anim. 2018; 52: 135–41.
Student. Eroarea probabilă a unei medii. Biometrie. 1908; 6: 1-25.
Welch BL. Generalizarea problemelor studenților atunci când sunt implicate mai multe varianțe diferite ale populației. Biometrie. 1947; 34: 28–35.
Mann HB, Whitney DR. La un test dacă una dintre cele două variabile aleatorii este stocastic mai mare decât cealaltă. Ann Math Stat. 1947; 18: 50-60.
Wilcoxon F. Comparații individuale prin metode de clasare. Biom Bull. 1945; 1: 80–3.
Pitman EJG. Testele de semnificație care pot fi aplicate probelor din orice populație. J R Stat Soc. 1937; 4: 119–30.