IJMS Free Full-Text New Insights on Vitamin K Metabolism in Senegalese sole (Solea senegalensis)

Arborele filogenetic cu probabilitate maximă de vitamina K epoxid reductaze (Vkors). Istoria evoluției a fost dedusă folosind metoda Probabilității maxime și modelul Le și Gascuel [47]. Procentul de arbori în care impozitul asociat s-a grupat împreună este afișat lângă ramuri. Arborii inițiali pentru căutarea euristică au fost obținuți prin aplicarea metodei Neighbor Joining la o matrice de distanțe perechi estimate folosind un model Jones-Taylor-Thornton (JTT). O distribuție discretă Gamma a fost utilizată pentru a modela diferențele de rată evolutivă între site-uri (5 categorii (+ G, parametru = 0,7756)). Arborele este tras la scară, cu lungimile ramurilor măsurate în numărul de substituții pe sit. Această analiză a implicat 54 de secvențe de aminoacizi. Au fost eliminate toate pozițiile cu o acoperire a site-ului mai mică de 95%, adică mai puțin de 5% lacune de aliniere, date lipsă și baze ambigue au fost permise în orice poziție (opțiune de ștergere parțială). Au existat un total de 150 de poziții în setul de date final. Analizele evolutive au fost efectuate în MEGA X [48]. Secvența Vkor Zion intestinalis a fost utilizată ca un grup de grupare pentru a înrădăcina copacul. Bara de scalare reprezintă numărul de înlocuiri pe site.

---