Evaluarea interacțiunilor fenofibrat-metilare pe trigliceride utilizând date longitudinale ale familiei
Jih-Chang Yu
1 Institutul de Științe ale Sănătății Populației, Institutele Naționale de Cercetare în Sănătate, 35 Keyan Road, Zhunan, Miaoli, 35053 Taiwan
Fang-Chi Hsu
2 Departamentul de Științe Biostatistice, Divizia de Științe ale Sănătății Publice, Școala de Medicină Wake Forest, Medical City Boulevard, Winston-Salem, NC 27157 SUA
Yen-Feng Chiu
1 Institutul de Științe ale Sănătății Populației, Institutele Naționale de Cercetare în Sănătate, 35 Keyan Road, Zhunan, Miaoli, 35053 Taiwan
Conferinţă
Date asociate
Datele care susțin concluziile acestui studiu sunt disponibile de la Atelierul de analiză genetică (GAW), dar restricțiile se aplică disponibilității acestor date, care au fost utilizate sub licență pentru studiul actual. Cercetătorii calificați pot solicita aceste date direct de la GAW.
Abstract
fundal
Concentrațiile trigliceridelor (TG) scad ca răspuns la tratamentul cu fenofibrat și sunt, de asemenea, asociate cu metilarea ADN-ului. Dar modul în care interacțiunile dintre răspunsul fenofibraților și metilarea ADN afectează TG-urile rămâne neclar.
Metode
În studiul de față, am identificat și comparat siturile de metilare diferențiale asociate cu concentrațiile de TG la indivizi înainte și după tratamentul cu fenofibrat. Am estimat apoi interacțiunile dintre tratamentul cu fenofibrat și metilare pentru a identifica efectele diferențiale de metilare asociate tratamentului cu fenofibrat pe concentrațiile TG utilizând întreaga probă longitudinală a familiei. Pentru a ține seama de corecțiile din cadrul familiei și din interiorul individului, abordarea generală a ecuațiilor de estimare a fost utilizată pentru a estima efectele principale și de interacțiune dintre siturile de metilare și tratamentul cu fenofibrat, ajustându-se pentru potențialii confundanți. Analizele au fost, de asemenea, efectuate cu și fără ajustare pentru concentrațiile de lipoproteine cu densitate mare (HDL).
Rezultate
Înainte de tratamentul cu fenofibrat, 23 de situsuri de citozină-fosfat-guanină (CpG) au fost semnificativ asociate cu concentrațiile de TG, în timp ce doar 13 situsuri de CpG au fost identificate după tratament, ajustându-se pentru HDL. Fără ajustarea pentru HDL, pretratare, 20 de situri CpG au fost semnificativ asociate cu concentrațiile de TG, în timp ce doar 12 situsuri CpG au fost identificate după tratament. Dintre aceste site-uri, un singur site diferențial (cg19003390 în gena CPT1A) s-a suprapus de la măsurătorile de pre și post-tratament, indiferent de ajustarea HDL. Mai mult, 11 situri de metilare au prezentat efecte substanțiale de interacțiune (p-7 cu corecția Bonferroni) cu sau fără ajustare HDL atunci când se utilizează datele longitudinale întregi.
Concluzii
Analizele noastre sugerează că metilarea ADN-ului a modificat probabil efectul fenofibratului asupra concentrațiilor de TG. Siturile de metilare asociată fenofibratului diferențiat pe TG au diferit cu și fără ajustarea concentrațiilor HDL, sugerând că aceste HDL și TG ar putea împărtăși unele procese epigenetice comune.
fundal
Metode și materiale
Studiu de asociere la nivel epigenom și date despre fenotip
Cartarea asocierii a fost realizată folosind datele reale ale asocierii epigenomului din datele reale din setul de date GAW20. Un total de 463.995 situsuri de metilare CpG cu genom întreg au fost analizate pentru 1105 indivizi din 188 genealogii multiplex [2]. Un total de 114.240 de site-uri CpG nu au fost mapate la gene specifice, rezultând 349.755 de site-uri incluse în analiză. Au existat patru măsurători TG și HDL pentru fiecare persoană. Primele două măsurători au fost obținute înainte de tratamentul cu fenofibrat, în timp ce ultimele două au fost obținute după tratament [5]. Un total de 995 de indivizi din 182 pedigree cu măsurători de pretratament și 530 de indivizi din 153 pedigree cu măsurători post-tratament au fost incluși în analizele secțiunii transversale. Un total de 421 de persoane din 138 de familii cu date atât pre- cât și post-tratament au fost incluse în analiza datelor longitudinale.