Bacterii modulatoare GABA ale microbiotei intestinului uman Microbiologie naturală

Subiecte

Abstract

Opțiuni de acces

Abonați-vă la Jurnal

Obțineți acces complet la jurnal timp de 1 an

doar 4,60 EUR pe număr

Toate prețurile sunt prețuri NET.
TVA va fi adăugat mai târziu în casă.

Închiriați sau cumpărați articol

Obțineți acces limitat la timp sau la articol complet pe ReadCube.

Toate prețurile sunt prețuri NET.

Disponibilitatea datelor

Secvența ARNr 16S și datele genomului pentru KLE1738 sunt disponibile de la NCBI (MH636586 și respectiv PRJNA482656). Datele secvenței American Gut sunt disponibile de la EBI sub aderarea ERP012803. Datele fMRI sunt disponibile la discreția M.J.D. Toate celelalte date care susțin rezultatele acestui studiu sunt disponibile de la autorul relevant la cerere.

Referințe

Fung, T. C., Olson, C. A. & Hsiao, E. Y. Interacțiuni între microbiota, sistemul imunitar și sistemul nervos în sănătate și boală. Nat. Neuroști. 20, 145–155 (2017).

Browne, H. P. și colab. Cultivarea microbiotei umane „neculturabile” dezvăluie taxoni noi și sporulare extinsă. Natură 533, 543–546 (2016).

Lagier, J. C. și colab. Renașterea culturii în microbiologie prin exemplul culturomicii pentru a studia microbiota intestinului uman. Clin. Microbiol. Rev. 28, 237–264 (2015).

Lagkouvardos, I., Overmann, J. & Clavel, T. Microbii cultivați reprezintă o fracțiune substanțială din microbiota intestinului uman și al șoarecelui. Microbi buni 8, 493–503 (2017).

D’Onofrio, A. și colab. Sideroforii din organismele vecine promovează creșterea bacteriilor necultive. Chem. Biol. 17, 254–264 (2010).

Fenn, K. și colab. Chinonele sunt factori de creștere pentru microbiota intestinului uman. Microbiom 5, 161 (2017).

Carlier, J. P., Bedora-Faure, M., K’Ouas, G., Alauzet, C. & Mory, F. Propunere de unificare Clostridium orbiscindens Winter și colab. 1991 și Eubacterium plautii (Seguin 1928) Hofstad și Aasjord 1982, cu descrierea lui Flavonifractor plautii gen. nov., pieptene. noiembrie și reatribuirea Bacteroides capillosus la Capseus pseudoflavonifractor gen. nov., pieptene. noiembrie. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 60, 585–590 (2010).

Claring, K. și colab. Intestinimonas butyriciproducens gen. nov., fl. nov., o bacterie producătoare de butirat din intestinul șoarecelui. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 63, 4606–4612 (2013).

Yarza, P. și colab. Unirea clasificării bacteriilor și archaea cultivate și necultive folosind secvențe genice 16S ARNr. Nat. Rev. Microbiol. 12, 635–645 (2014).

Fodor, A. A. și colab. „Cel mai dorit” impozit de la microbiomul uman pentru secvențierea întregului genom. Plus unu 7, e41294 (2012).

Lagkouvardos, I. și colab. IMNGS: o resursă deschisă cuprinzătoare de profiluri microbiene 16S rARN procesate pentru studii de ecologie și diversitate. Știință. reprezentant. 6, 33721 (2016).

Goodman, A. L. și colab. Colecții extinse de culturi de microbiote intestinale umane caracterizate și manipulate la șoareci gnotobiotici. Proc. Natl Acad. Știință. Statele Unite ale Americii 108, 6252–6257 (2011).

Deutscher, J., Francke, C. & Postma, P. W. Cum fosforilarea proteinelor legate de sistem fosfotransferază reglează metabolismul carbohidraților în bacterii. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 70, 939–1031 (2006).

Feehily, C. și Karatzas, K. A. Rolul metabolismului glutamatului în răspunsurile bacteriene față de stresul acid și alte. J. Appl. Microbiol. 114, 11-24 (2013).

Hardman, J. K. și Stadtman, T. C. Metabolismul omega-aminoacizilor. I. Fermentarea acidului gamma-aminobutiric prin Clostridium aminobutyricum n. sp. J. Bacteriol. 79, 544–548 (1960).

Fallingborg, J. pH-ul intraluminal al tractului gastro-intestinal uman. Dan. Med. Taur. 46, 183–196 (1999).

Aziz, R. K. și colab. Serverul RAST: adnotări rapide folosind tehnologia subsistemelor. BMC Genomics 9, 75 (2008).

Bateman, A. și colab. UniProt: un hub pentru informații despre proteine. Acizi nucleici Res. 43, D204 - D212 (2015).

McDonald, D. și colab. American gut: o platformă deschisă pentru cercetarea științei cetățenilor în domeniul microbiomului. mSystems 3, e00031-18 (2018).

Sneath, P. H. Principiile taxonomiei bacteriene. Proc. R. Soc. Med. 65, 851–852 (1972).

Arkin, A. P. și colab. Departamentul Statelor Unite ale Americii pentru baza de cunoaștere a biologiei sistemelor energetice. Nat. Biotehnologie. 36, 566-569 (2018).

Ni, Y., Li, J. și Panagiotou, G. Un peisaj la nivel molecular al interacțiunilor microbiomului dietetic-intestinal: către intervenții dietetice care vizează genele bacteriene. mBio 6, e01263-15 (2015).

Haas, B. J. și colab. Reconstrucția secvenței transcriptului de novo din ARN-seq utilizând platforma Trinity pentru generarea și analiza referințelor. Nat. Protoc. 8, 1494–1512 (2013).

Matsumoto, M. și colab. Absorbția colonică a metaboliților cu greutate moleculară mică influențați de microbiomul intestinal: un studiu pilot. Plus unu 12, e0169207 (2017).

van Berlo, C. L. și colab. Producerea acidului gamma-aminobutiric în intestinul subțire și gros al șobolanilor Wistar normali și fără germeni. Influența aportului alimentar și a florei intestinale. Gastroenterologie 93, 472–479 (1987).

Fujisaka, S. și colab. Dieta, genetica și microbiomul intestinal determină modificări dinamice ale metaboliților din plasmă. Rep. Celulei. 22, 3072–3086 (2018).

Luscher, B., Shen, Q. & Sahir, N. Ipoteza deficitului GABAergic al tulburării depresive majore. Mol. Psihiatrie 16, 383–406 (2011).

Davidson, R. J., Pizzagalli, D., Nitschke, J. B. și Putnam, K. Depresia: perspective din neuroștiința afectivă. Annu. Rev. Psihol. 53, 545–574 (2002).

Greicius, M. D., Krasnow, B., Reiss, A. L. și Menon, V. Conectivitatea funcțională în creierul în repaus: o analiză de rețea a ipotezei modului implicit. Proc. Natl Acad. Știință. Statele Unite ale Americii 100, 253–258 (2003).

Greicius, M. D. și colab. Conectivitate funcțională în stare de repaus în depresia majoră: contribuții anormale crescute de la cortexul cingulat subgenual și talamus. Biol. Psihiatrie 62, 429–437 (2007).

Sheline, Y. I. și colab. Rețeaua de mod implicit și procesele auto-referențiale în depresie. Proc. Natl Acad. Știință. Statele Unite ale Americii 106, 1942–1947 (2009).

Liston, C. și colab. Mecanismele de rețea în mod implicit ale stimulării magnetice transcraniene în depresie. Biol. Psihiatrie 76, 517–526 (2014).

Koechlin, E. și Hyafil, A. Funcția prefrontală anterioară și limitele luării deciziilor umane. Ştiinţă 318, 594–598 (2007).

Wager, T. D., Davidson, M. L., Hughes, B. L., Lindquist, M. A. & Ochsner, K. N. Căi prefrontale - subcorticale care mediază reglarea emoțiilor de succes. Neuron 59, 1037-1050 (2008).

Tillisch, K. și colab. Structura creierului și răspunsul la stimulii emoționali în legătură cu profilurile microbiene intestinale la femeile sănătoase. Psihosom. Med. 79, 905–913 (2017).

---