Asamblarea reconcilierii Bioinformatica Oxford Academic
Editor asociat: Alex Bateman
Aleksey V. Zimin, Douglas R. Smith, Granger Sutton, James A. Yorke, Asamblarea reconcilierii, Bioinformatica, Volumul 24, Numărul 1, 1 ianuarie 2008, paginile 42–45, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/ btm542
Abstract
Motivație: Multe genomi sunt secvențiate printr-o colaborare a mai multor centre și apoi fiecare centru produce un ansamblu folosind propriul software de asamblare. Colaboratorii aleg apoi proiectul de adunare pe care îl consideră cel mai bun, iar informațiile conținute în celelalte adunări nu sunt de obicei utilizate.
Metode: Am dezvoltat o tehnică pe care o numim reconciliere a ansamblului, care poate îmbina proiectele de ansambluri ale genomului. Este nevoie de un ansamblu de proiectare, detectează erori aparente și, atunci când este posibil, repară zonele cu probleme folosind piese din ansambluri de proiectare alternative. De asemenea, închide golurile în locurile în care unul dintre ansamblurile alternative a întins corect golul.
Rezultate: Folosind tehnica de reconciliere a asamblării, am produs ansambluri reconciliate de șase specii de Drosophila în colaborare cu Agencourt Bioscience și Institutul J. Craig Venter. Aceste ansambluri sunt acum ansamblurile oficiale (CAF1) utilizate pentru analiză. De asemenea, am produs un ansamblu reconciliat al genomului Rhesus Macaque, iar acest ansamblu este disponibil de pe site-ul nostru http://www.genome.umd.edu.