Estimarea dimensiunii populației pentru controlul calității seturilor de date ChIP-Seq
Roluri Curarea datelor, Analiza formală, Investigație, Metodologie, Resurse, Software, Vizualizare, Scriere - schiță originală, Scriere - revizuire și editare
Afilieri BIOSOFT.RU, LLC, Novosibirsk, Federația Rusă, Institutul de Tehnologii Computaționale SB RAS, Novosibirsk, Federația Rusă, Institutul de Citologie și Genetică SB RAS, Novosibirsk, Federația Rusă
Roluri Analiză formală, metodologie, scriere - schiță originală, scriere - recenzie și editare
Afilieri BIOSOFT.RU, LLC, Novosibirsk, Federația Rusă, Institutul de Tehnologii Computaționale SB RAS, Novosibirsk, Federația Rusă
Roluri Arhivarea datelor, Resurse
Afilieri BIOSOFT.RU, LLC, Novosibirsk, Federația Rusă, Institutul de Tehnologii Computaționale SB RAS, Novosibirsk, Federația Rusă
Roluri Conceptualizare, metodologie, scriere - recenzie și editare
Afilieri BIOSOFT.RU, LLC, Novosibirsk, Federația Rusă, Universitatea de Stat Novosibirsk, Novosibirsk, Federația Rusă
Afilieri BIOSOFT.RU, LLC, Novosibirsk, Federația Rusă, Institutul de Tehnologii Computaționale SB RAS, Novosibirsk, Federația Rusă
Roluri Conceptualizare, Curarea datelor, Metodologie, Administrarea proiectelor, Resurse, Supraveghere, Scriere - revizuire și editare
Afilieri BIOSOFT.RU, LLC, Novosibirsk, Federația Rusă, Institutul de Tehnologii Computaționale SB RAS, Novosibirsk, Federația Rusă
- Semyon K. Kolmykov,
- Yury V. Kondrakhin,
- Ivan S. Yevshin,
- Ruslan N. Sharipov,
- Anna S. Ryabova,
- Fedor A. Kolpakov
Cifre
Abstract
Citare: Kolmykov SK, Kondrakhin YV, Yevshin IS, Sharipov RN, Ryabova AS, Kolpakov FA (2019) Estimarea dimensiunii populației pentru controlul calității seturilor de date ChIP-Seq. PLoS ONE 14 (8): e0221760. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0221760
Editor: Li Chen, Universitatea Auburn - Școala de Farmacie Harrison, STATELE UNITE
Primit: 6 iunie 2019; Admis: 14 august 2019; Publicat: 29 august 2019
Disponibilitatea datelor: Toate datele relevante se găsesc în lucrare.
Finanțarea: Această lucrare este susținută de Fundația Rusă pentru Știință, acordul de grant № 19-14-00295 (http://rscf.ru/en/) către SKK, YVK, ISY, RNS, ASR, FAK. Finanțatorul nu a avut nici un rol în proiectarea studiului, colectarea și analiza datelor, decizia de publicare sau pregătirea manuscrisului.
Interese concurente: Autorii au declarat că nu există interese concurente.
Introducere
Înțelegerea mecanismelor de bază ale reglării transcripției rămâne a fi marea provocare în biologia modernă. Reglarea transcrierii este un proces complex în care factorii de transcripție (TF) joacă rolul cheie. De regulă, TF-urile recunosc și se leagă cu siturile de legare TF corespunzătoare (TFBS) din genom. Recunoașterea in silico a acestor TFBS în genomuri întregi a rămas una dintre cele mai complexe probleme din bioinformatică. În zilele noastre, imunoprecipitarea cromatinei urmată de secvențiere (ChIP-Seq) este o tehnologie experimentală utilizată pe scară largă pentru identificarea regiunilor de legare a TF (TFBR) care conțin TFBS. Deocamdată au fost efectuate zeci de mii de experimente ChIP-Seq. Este rezonabil să presupunem că acest număr va crește rapid de la an la an.